W 1569 po raz pierwszy nominacji na urząd inkwizytora Sieny dokonała Kongregacja Świętego Oficjum, a trzy lata później Kongregacja mianowała po raz pierwszy inkwizytora Florencji. W czerwcu 1574 władze zakonu franciszkanów konwentualnych definitywnie utraciły prawo nominacji inkwizytorskich na rzecz Kongregacji.
W 1633 w Rzymie doszło do skazania Galileusza na areszt domowy przez rzymskie Święte Oficjum. Areszt ten wykonywany był kolejno w kilku miejscach na terenie Toskanii. Zachowała się bogata korespondencja między inkwizytorem Florencji a Kongregacją w sprawie wykonania wyroku na Galileusza oraz cenzury literatury heliocentrycznej.
Dużą liczbę postępowań w Sienie stanowiły procesy o magię. W 1569 spalono tam pięć domniemanych czarownic, jednak po 1588 egzekucje się już więcej nie zdarzały. Największy okres aktywności trybunału sieneńskiego przypadł na pierwszą połowę XVIII wieku.