Jednym z najsłynniejszych procesów w historii inkwizycji w Toskanii był proces toskańskiego poety i sekretarza loży masońskiej we Florencji Tommaso Crudeliego, który został aresztowany w 1739. Krótko przed jego aresztowaniem wygasła dynastia Medyceuszy i władzę w Toskanii przejęła dynastia habsbursko-lotaryńska. Nowe władze nieprzychylnym okiem patrzyły na ofensywę antymasońską i doprowadziły do odwołania z urzędu inkwizytora Florencji Paolo Antonio Ambrogiego. W 1743 rząd Wielkiego Księstwa odebrał inkwizytorom kompetencje w zakresie cenzury publikacji. Konflikt, jaki się pojawił na tym tle między rządem toskańskim a Stolicą Apostolską spowodował, że doszło do faktycznego zawieszenia działalności inkwizycji w Toskanii na ponad dekadę. W 1746 władze nie dopuściły do objęcia urzędu przez nowego inkwizytora Pizy, skutkiem czego urząd ten przez kilka lat pozostawał nieobsadzony. Ostatecznie w 1754 obie strony doszły do porozumienia i zawarły konkordat, na mocy którego inkwizycja mogła wznowić działalność. W skład trybunału mieli jednak wchodzić odtąd świeccy urzędnicy, którzy przejęli także kontrolę nad więzieniami inkwizycji.