Podczas pobytu w Warszawie w 1908 został aresztowany za prowadzenie wykładów dla kółek robotniczych PPS, przez sześć tygodni przebywał w więzieniu, a następnie został zmuszony do opuszczenia zaboru rosyjskiego, w związku z czym wyjechał do Lwowa i otrzymał stanowisko asystenta w Katedrze Zoologii Akademii Rolniczej w Dublanach. W 1913 przedstawił na Uniwersytecie Lwowskim rozprawę o faunie jezior tatrzańskich i uzyskał tytuł doktora nauk, jego promotorem był prof. Józef Nusbaum. Po wybuchu I wojny światowej wstąpił w szeregi Legionów Polskich, walczył do 1917, a następnie powrócił do Lwowa i pracy na uczelni. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości wyjechał do Puław, gdzie należał do organizatorów Państwowego Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego (PINGW) w którym otrzymał stanowisko kierownika Pododdziału Entomologicznego. W 1920 powierzono mu kierownictwo Działu Entomologicznego, a od 1927 Wydziału Ochrony Roślin i Działu Entomologicznego. Od 1935 był docentem zoologii Uniwersytetu Stefana Batorego, od 1930 należał do członków komitetu redakcyjnego wydawnictw PINGW, w 1936 awansowano go na stanowisko redaktora. Po śmierci prof. Zygmunta Mokrzeckiego w marcu 1936 Stanisław Minkiewicz został przewodniczącym sekcji entomologii stosowanej w Polskim Związku Entomologicznym.