Od 26 listopada 1920 urzędował jako zastępca Komisarza Rządowego dla Śląska Cieszyńskiego, a w lutym 1921 został Delegatem Ministerstwa Sprawiedliwości przy Komitecie Plebiscytowym w Bytomiu z zadaniem organizowania sądownictwa polskiego w części Górnego Śląska, mającej przypaść Polsce. W tym charakterze pracował w okresie plebiscytu i III powstania śląskiego aż do chwili objęcia Śląska przez władze polskie. 14 czerwca 1922 Naczelnik Państwa Józef Piłsudski mianował F. Bocheńskiego Prezesem Sądu Apelacyjnego w Katowicach i na tym stanowisku pozostał aż do śmierci.
Brał także aktywny udział w życiu społecznym. Był członkiem honorowym korporacji akademickiej „Silesia”. Od 15 lipca 1922 był Prezesem Towarzystwa Przyjaciół Teatru Polskiego w Katowicach.
2 maja 1922 został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski „za zasługi, położone na polu organizacji sądownictwa w Rzeczypospolitej Polskiej”.
Feliks Bocheński był żonaty, miał syna. Zmarł 13 października 1925. Został pochowany na Cmentarzu przy ul. Francuskiej w Katowicach. mały|Grób dra Feliksa Bocheńskiego na cmentarzu przy ul.