W lipcu i sierpniu 1901 r. pancernik służył jako okręt flagowy wiceadmirała Heihachirō Tōgō podczas rejsu treningowego eskadry pancerników u wybrzeży Chin i Korei. Tajfun, który uderzył w Japonię pod koniec września 1902 r., zniósł pancernik na brzeg przy wejściu do portu w Jokohamie. Okręt, który nie odniósł większych uszkodzeń, ściągnięto z mielizny kilka dni później.
Na początku wojny rosyjsko-japońskiej, „Shikishima”, wraz z bliźniaczym „Hatsuse”, znajdowała się w składzie 1. Eskadry Pancerników 1. Floty. 9 lutego 1904 roku wiceadmirał Tōgō poprowadził 1. Flotę do ataku na rosyjskie okręty Floty Oceanu Spokojnego, zakotwiczone na redzie Port Artur. Tōgō zdecydował się skierować główne uderzenie na twierdzę, dlatego artyleria główna okrętów japońskich ostrzeliwała forty, a przeciw okrętom rosyjskim zostały skierowane działa artylerii średniej. Choć obie strony osiągnęły wiele trafień, japońskie pociski kal. 203 i 152 mm nie wyrządziły wielkich szkód jednostkom rosyjskim (które straciły 17 ludzi), podczas gdy Japończycy mieli 60 rannych i zabitych, zanim Tōgō zdecydował się na odwrót. „Shikishima” otrzymała tylko jedno trafienie pociskiem 152 mm, tracąc 17 rannych.