W 1797 cerkiew znalazła się w jurysdykcji nowo utworzonej unickiej diecezji supraskiej. Była jedną z siedemnastu świątyń parafialnych w jej dekanacie bialskimI. Matus, Schyłek..., s. 56.. W 1809 car Aleksander I skasował diecezję supraską, a parafię w Klejnikach, podobnie jak pozostałe placówki duszpasterskie, podporządkował diecezji brzeskiejI. Matus, Schyłek..., s. 57.. W XIX w. nie było praktycznie przypadków przechodzenia klejnickich unitów na obrządek łacińskiI. Matus, Schyłek..., s. 137..
W latach 30. XIX w. w cerkwi w Klejnikach, podobnie jak w pozostałych świątyniach w diecezji brzeskiej, wdrożono działania delatynizujące obrządek unicki, by przygotować w ten sposób masową konwersję unitów na prawosławie. Koordynował je biskup Józef SiemaszkoI. Matus, Schyłek..., ss. 62–63.. W momencie przystąpienia do tych działań w cerkwi w Klejnikach nie było już praktycznie żadnych typowych dla obrządku bizantyjskiego naczyń liturgicznychI. Matus, Schyłek..., ss. 242–243.. Niektóre z nich zakupiono w ciągu najbliższych dwóch lat, jednak według szacunków dziekana bialskiego Kostycewicza należało zakupić kolejne o wartości 156 rubliI. Matus, Schyłek..., s. 245.. W 1837 w cerkwi nadal nie było darochranitielnicyI. Matus, Schyłek..., s. 253..