W tej sytuacji Mohammad pomaszerował na Bagdad i nie napotykając oporu zajął miasto, tym samym stając się niekwestionowanym władcą całego państwa Wielkich Seldżuków, chociaż pozostawił Sandżara jako maleka rządzącego w Chorasanie; .
Losy wojny domowej w znacznym stopniu zależały od przyciągnięcia do siebie tureckich emirów z ich oddziałami. Emirowie bezustannie przechodzili z jednej strony na drugą, nie chcąc wyraźnego zwycięstwa żadnej z nich, to oznaczałoby bowiem powrót silnej władzy, której sobie nie życzyli. To dlatego jakkolwiek druzgocącą klęskę mógł ponieść jeden z pretendentów do władzy był on w stanie nader szybko zebrać nowe siły. W czasie walk po śmierci Malekszaha na zachodnich rubieżach państwa powstały faktycznie niezależne państwa Seldżuków anatolijskich i syryjskich, zaś Palestyna i część Syrii stały się przedmiotem najazdu krzyżowców. Zaczęły również powstawać lokalne turkmeńskie dynastie, takie jak Artukidzi w Diyarbakırze, Szah-Armenidzi w Ahlacie, synowie Bursuka w Chuzestanie, zaś starsze dynastie, takie jak kurdyjscy Annazydzi czy arabscy Mazjadydzi, wzmocniły swoją pozycję. Zamęt w państwie Seldżukidów wykorzystali także nizaryci, którzy zajęli szereg twierdz na terenie Iranu, a także Iraku i Syrii.