Po zdobyciu władzy przed Mohammadem stało zatem trudne zadanie odbudowy autorytetu władzy centralnej; .

Tak samo jak jego poprzednicy Mohammad na wstępie swojego panowania musiał zmierzyć się najpierw z rywalami do tronu wywodzącymi się z jego własnego rodu. Jako pierwszy w roku 1105/1106 wystąpił przeciwko niemu Mengü-Bars, wnuk Alp Arslana (1063 – 1072), który podniósł bunt w Nahawandzie. Starał się on przeciągnąć na swoją stronę synów Bursuka, ale sułtan pochwycił go i uwięził. W następnym roku terytorium Mohammada zaatakował Kilidż Arslan (1092 – 1107), władca Seldżuków anatolijskich, który przybył do Mosulu na zaproszenie Zankiego, syna Dżikirmisza. Kilidż Arslan został pokonany w bitwie nad rzeką Chabur przez Dżawali Sakawę, dowódcę Mohammada, który połączył swoje siły z Ilghazim (1108 – 1122) i Ridwanem (1095 – 1113). Sam Kilidż Arslan utonął w rzece Chabur.