thumb|240px|BOZPN - Zespoły występujące w II lidze w sezonie 1990/91 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek II ligi oraz Pucharu Polski od (1/16 finału).
Od sezonu 1990/91 przestały obowiązywać przepisy tzw. „za 3 pkt” i „za -1pkt” Powrócono do zasad punktowania: zwycięstwo 2 pkt, remis 1 pkt, przegrana 0 pkt.
II poziom rozgrywkowy Jagiellonia prezentowała dobry poziom, do awansu z 2. miejsca zabrakło niewiele, zadecydował gorszy bilans bramkowy w porównaniu do Widzewa Łódź. W barażu z Zagłębiem Sosnowiec o awansie zadecydowały rzuty karne, przegrane 2:4. Dobrym uzupełnieniem składu był kolejny gracz pozyskany zza wschodniej granicy Siergiej Sołodownikow, który pod koniec I rundy w ostatnich 9 meczach, zdobył bramki w 8 spotkaniach, w sumie zdobył ich najwięcej z białostockiej ekipy- 12.
Po sezonie doszło do reorganizacji, stworzono II grupy II Ligi, Jagiellonia trafiła do grupy wschodniej.
Sztab szkoleniowy: trener - Mirosław Mojsiuszko, II trener - Tadeusz Gaszyński, kierownik drużyny - Leszek Rasiński, masażysta - Ireneusz Piesecki.