W październiku 1990 roku część zarządu podała się do dymisji, min.: R.Żodzik, L.Maliszewski, K.Laskowski, Z.Okruszko, A.Prokop. Dnia 12 listopada 1990 za walnym zgromadzeniu powołano nowy zarząd w składzie: prezes - Janusz Miastkowski, Waldemar Dąbrowski, Janusz Kazberuk, Antoni Prokop, Marek Sakowicz, Andrzej Biliński, Grzegorz Florczak, Ryszard Karalus, Mirosław Mojsiuszko, Wojciech Niedźwiecki. https://pbc.biaman.pl/dlibra/publication/53211/edition/51651/content? Gazeta Współczesna nr 220/1990
Puchar Polski Jagiellonia pokonała w 1/16 finału po dogrywce Pogoń Szczecin, w 1/8 uległa I ligowemu Górnikowi Zabrze 0:2 i odpadła z dalszej rywalizacji.
Końcowa tabela II ligi Drużyna Bramki Uwagi1 Stal Stalowa Wola 38 18 13 7 4524+21 49 Awans do I ligi2 Widzew Łódź (s) 38 17 14 7 5729+28 48 3 Jagiellonia Białystok (s) 38 17 14 7 4629+17 48 Baraże, przegrane4 Miedź Legnica 38 17 13 8 5134+17 47 5 Stilon Gorzów Wielkopolski 38 17 13 8 4629+17 47 6 Raków Częstochowa (b) 38 16 11 11 4334+9 43 7 Polonia Bytom 38 15 11 12 5138+13 418 Siarka Tarnobrzeg 38 12 15 11 4746+1 399 Szombierki Bytom 38 14 11 13 42420 3910 Górnik Wałbrzych 38 12 13 13 4342 +1 3711 Pogoń Szczecin 38 11 14 13 4746 +1 3612 Lechia Gdańsk 38 13 10 15 4043-3 3613 Resovia Rzeszów 38 11 14 13 3842-4 3614 Odra Wodzisław Śląski 38 9 17 12 4949 0 3515 Stal Rzeszów 38 10