Działalność separatystów spotkała się z ostrą reakcją hiszpańskich władz: w pierwszej fazie działalności ETA, służby aresztowały około stu jej członków i zwolenników. Wielu aresztowanych zostało następnie skazanych na kary pozbawienia wolności oscylujące w granicy 15–20 lat. Przywódcy formacji uniknęli aresztowania i schronili się w sąsiedniej Francji. Strategia przemocy nie spodobała się części umiarkowanych członków ETA, którzy opuścili ugrupowanie. thumb|260px|Mural ETA sfotografowany w 2008 roku w Altsasu W 1961 roku aktywiści przeprowadzili głośną akcję, którą była nieudana próba wykolejenia pociągu jadącego do San Sebastián. W pociągu znajdowali się frankistowscy weterani wojny domowej i propagandziści reżimu.

Na początku działalności zarysował się w niej ostry spór ideologiczny. Wewnątrz ETA wyłoniły się frakcje „patriotyczna“ i „rewolucyjna“. „Patrioci” kładli największy nacisk na kwestie wyzwolenia narodowego Basków, „rewolucjoniści” natomiast zafascynowani byli marksizmem-leninizmem. W maju 1962 roku odbyło się pierwsze zgromadzenie ETA. Organizacja zdefiniowała się na nim jako baskijski ruch rewolucyjny, powstały z patriotycznego oporu. ETA opowiedziała się także przeciwko wywyższaniu narodów i ras ponad inne oraz przeciwko wszelkim reżimom dyktatorskim (zarówno faszystowskim i komunistycznym).