Postanowienia pierwszego zgromadzenia stanowiły próbę kompromisu pomiędzy „patriotami” i „rewolucjonistami”. W 1965 roku odbyło się drugie zgromadzenie ETA. Aktywiści zdecydowali na nim o całkowitym odcięciu się od PNV i potępili ją jako „narzędzie burżuazji“. Rok później grupa zdefiniowała się jako „antykapitalistyczna“ i „antyimperialistyczna“, przyjęto też motto „patriotyzm robotników przeciwko nacjonalizmowi burżuazji”.

Przełomowy charakter dla ewolucji ETA miało V Zgromadzenie, które odbyło się w latach 1966–67. W jego pierwszej fazie etnonacjonaliści i tercemundistas (uważający Baskonię za część Trzeciego Świata) doprowadzili do usunięcia maoistów, którzy utworzyli tzw. ETA Berri (Młodą ETA). Rok później ETA Zaharra (Stara ETA) samookreśliła się jako marksistowsko-leninowska, co spowodowało odejście etnonacjonalistów (grupa „Branka”).

7 czerwca 1968 niedaleko miejscowości Tolosa policja drogowa zatrzymała samochód lidera ETA Txabi Etxebarrieta. Poproszony o dokumenty terrorysta wyciągnął pistolet i zastrzelił policjanta, po czym wraz z towarzyszącym mu Iñaki Sarasketą salwował się ucieczką. Etxebarrieta został zastrzelony w trakcie ucieczki, Sarasketa schronił się w pobliskim kościele, gdzie został aresztowany.