Do obozów koncentracyjnych trafiali m.in. zwolennicy lewicy, Serbowie, Węgrzy, Cyganie, a zwłaszcza Żydzi. Na skutek wojny zginęło ok. 80% chorwackich Żydów. Szczególnie złą sławą cieszył się obóz w Jasenovacu. Główną siłą formacją antyhitlerowską dążącą do odrodzenia Jugosławii była komunistyczna partyzantka Josipa Broz Tito. W listopadzie 1943 na II sesji kontrolowanej przez komunistów Antyfaszystowskiej Rady Wyzwolenia Narodowego Jugosławii podjęta została decyzja, że powojenna Jugosławia będzie mieć charakter federacji równoprawnych narodów oraz zatwierdziła uchwały lokalnych antyfaszystowskich komitetów wyzwolenia narodowego o inkorporacji do Chorwacji Istrii, Rijeki oraz Zadaru.
Socjalistyczna Federacyjna Republika Jugosławii (1945–1991) Po obaleniu w maju 1945 przez oddziały Tito Niepodległego Państwa Chorwackiego władzę sprawowała, utworzona w 1943, Antyfaszystowska Rada Wyzwolenia Narodowego Chorwacji. Zgodnie z konstytucją Jugosławii z 1946 Chorwacja stała republiką związkową. Po zakończeniu II wojny światowej Komunistyczna Partia Jugosławii przeprowadził w Chorwacji, zasadnicze reformy ustrojowe, głównie reformę rolną w 1945 i 1953. W latach 1946–1948 znacjonalizowany został przemysł.