Szczególną zawiścią przyszła królowa prześladowała Eleonorę Krystynę za naszyjnik z idealnie okrągłych dużych pereł, wielkości gołębich jajek, który podarował córce sam król Chrystian IV. Jej małżeństwo w porównaniu do małżeństw jej sióstr było niezwykle szczęśliwe i wkrótce po ślubie na świat zaczęły przychodzić dzieci.
W chwili wstąpienia na tron jej starszego, przyrodniego brata Fryderyka III młode małżeństwo zostało zmuszone do opuszczenia królewskiego dworu i niemal wygnane do posiadanych przez Ulfeldta bajecznych zamków i pałaców. Właśnie wtedy Zofia Amalia okazała się być najbardziej bezwzględnym wrogiem Eleonory Krystyny. Nieprzyjaźń obu kobiet zaczęła się kilka lat wcześniej kiedy Eleonora Krystyna nie chciała oddać niedawno poślubionej Fryderykowi Zofii Amalii pierwszego miejsca na dworze.
Kiedy na męża Eleonory Krystyny padła królewska niełaska i podejrzenia w 1651 roku, ta podążyła za nim do Amsterdamu i Sztokholmu, byli zmuszeni do emigracji przez nienawiść dzielącą obie kobiety i nakaz aresztowania wydany przez króla, który wyjął szwagra spod prawa. Małżonkowie byli goszczeni na dworach wrogich Oldenburgom przez kilka lat, z nadzieją, że gdy wrócą już do Kopenhagi staną się posłusznymi szpiegami w ręku wrogich mocarstw.