okręty zostały przekazane do baz morskich w Noworosyjsku i Kerczu.
Dowództwo Flotylli Dowódcy: kpt. I rangi Aleksandr Aleksandrow: lipiec - październik 1941; kontradm. Siergiej Gorszkow: październik 1941 - październik 1942. Komisarze wojskowi: komisarz brygadowy A. Roszyn: sierpień - październik 1941; komisarz pułkowy/brygadowy S. Prokofiew: październik 1941. Szefowie sztabu: kpt. III rangi/II rangi I. Frolikow: lipiec - październik 1941; kpt. II rangi A. Swierdłow: październik 1941 - październik 1942.
Drugie formowanie Po raz drugi flotylla została sformowana w lutym 1943 zgodnie z rozkazem LKMW z 3 lutego 1943. Okręty flotylli bazowały w Jejsku (baza główna), Azowie i Primorsko-Achtarsku (baza manewrowa).
W pierwszej dekadzie czerwca 1943 w jej skład wchodził Samodzielny Kubański Oddział Okrętów (3 Dywizjon Kanonierek - 6 jednostek, dywizjon ślizgaczy — 12 jednostek), 12 Dywizjon Kutrów Dozorowych (3 jednostki), 1 Dywizjon Kanonierek (6 jednostek), 13 Dywizjon Kutrów Trałowych (4 jednostki), Oddział Kutrów Torpedowych (4 jednostki).
We flotylli zorganizowano Achtarską Grupę Bojową, w skład której wszedł batalion piechoty morskiej, batalion dywizji strzeleckiej i 4 baterie artylerii przeciwlotniczej.