Lata 80. były najczarniejszym okresem w historii klubu. FK Bodø/Glimt grali w drugiej lidze ogólnokrajowej i 3. lidze regionalnej, co dla byłego wicemistrza Norwegii i zdobywcy pucharu było wielkim rozczarowaniem. Jednak kolejna fala sukcesów przyszła w 1991. Pod kierownictwem trenera Jana Muri FK Bodø/Glimt awansował do II ligi. W kolejnym sezonie klub zatrudnił trenera Tronda Sollieda i wygrał rozgrywki drugiej ligi w sezonie 1992. W końcu, w 1993 zespół wrócił do Tippeligaen i podobnie jak w debiucie w 1977 zdobył drugie miejsce w lidze. Klub zdobył także swój drugi w historii Puchar Norwegii, po zwycięstwie 2:0 nad Strømsgodset IF. Zdobycie pucharu było ukoronowaniem trzech niewiarygodnych sezonów, przejścia z trzeciej ligi do zdobycia 2. miejsca w Tippeligaen w ciągu jedynie trzech lat, osiągnięcia tak rzadko spotykanego w norweskim systemie ligowym.