Po powrocie do Tippeligaen klub przeżywał huśtawkę formy. Dobre występy w lidze były przeplatane walką o utrzymanie, co doskonale ilustrują sezony 1993 i 1994, kiedy to po zdobyciu wicemistrzostwa i pucharu klub w kolejnym sezonie uratował się przed spadkiem jedynie lepszą różnicą bramek. Innym przykładem takiej zmiennej formy jest sezon 2003, kiedy to FK Bodø/Glimt zdobył 2. miejsce w lidze, ulegając jedynie dzierżącemu supremację od wielu lat Rosenborgowi Trondheim, ulegając także zespołowi z Trondheim w finale krajowego pucharu. W kolejnym sezonie jednak zespół zakończył rozgrywki na 3. miejscu od końca i musiało rozgrywać mecze barażowe z Kongsvinger IL, aby uniknąć spadku. Drużyna przegrała swój pierwszy mecz w Kongsvinger 0:1, jednak efektowne zwycięstwo w rewanżu 4:0 uratowało klub FK Bodø/Glimt.
Od 1993 klub z Bodø cały czas występuje w Tippeligaen (do 2005 12 sezonów). Ogółem rozegrał w najwyższej klasie rozgrywkowej 16 sezonów. W sezonie 2005 klub zajął ostatnie miejsce w 14-zespołowej tabeli Tippeligaen, zdobywając jedynie 24 punkty i razem z drużyną Aalesunds FK spadł do Adeccoligaen.
W 2020, 2021, 2023 oraz 2024 roku klub zdobył mistrzostwo Norwegii.