W tym okresie utrzymywał bliskie relacje ze Stanisławem Wyspiańskim, z którym dzielił pracownię; razem uczęszczali także na kurs języka francuskiego. W 1891 wspólnie zaprojektowali witraż Życie Marii do okna w zachodniej ścianie kościoła Mariackiego w Krakowie. W 1892 Mehoffer namalował dla rodziny swój pierwszy autoportret. Właśnie wtedy udoskonalił swój styl rysowania, używając zwierciadła do pomocy; wtedy też zaczął dążyć ku wiarygodnemu naśladownictwu rzeczywistości. Wykonał też projekt witraża do kaplicy pałacu Radziwiłłów w Balicach (1892–1893), a następnie – na zlecenie państwa Bru – portret ich córki Susanne (1893), gdzie już wtedy zdecydował się wypracować styl odrębny od mistrza Matejki, bliższy Wyspiańskiemu. W 1893 zaprojektował witraż Kazimierz Wielki jako fundator katedry lwowskiej.
Pejzaż zimowy z Grybowa (1894) często jest określany mianem połączenia tendencji impresjonistycznej i modernistycznej; w owym krajobrazie dostrzegano wpływy m.in. Claude’a Moneta, Alfreda Sisleya i Camille’a Pissarra. Kolejnym dziełem malarskim Mehoffera był Portret Konstantego Laszczki (1894) w pracowni rzeźbiarza.