W pierwszych latach działalności zasób archiwum składał się wyłącznie z wycinków prasowych na temat UMK z prasy regionalnej. Akta ogólne zaczęto przejmować dopiero od stycznia 1951 r., najpierw z Dziekanatu Wydziału Humanistycznego, następnie Sekretariatu Rektora, Działu Nauczania i niektórych stowarzyszeń działających na uczelni. W listopadzie 1952 r. minister szkolnictwa wyższego wydał zarządzenie nr 53 w sprawie instrukcji kancelaryjnych w szkołach wyższych, które wprowadzało podział akt na kategorie i obowiązek ich przekazywania do archiwum uczelni. Pierwsze akta studenckie przekazano około 1956 r. Brak miejsca w magazynie spowodował, że systematyczne przyjmowanie dokumentacji z wydziałów i jednostek uczelni rozpoczęto dopiero po otrzymaniu pomieszczeń przy ul. F. Chopina 12/18 (w budynku po Bibliotece Uniwersyteckiej)I. Janosz-Biskupowa, Archiwum Uniwersytetu M[ikołaja] Kopernika w Toruniu, s. 75 i n.; H. Duczkowska-Moraczewska, B. Kierzkowska, Sześćdziesiąt lat Archiwum Uniwersytetu Mikołaja Kopernika, s. 30..