Zarządzenie Rektora UMK z 15 stycznia 1975 r. regulowało kwestie organizacji i zakresu działania archiwum, nadając mu status pozawydziałowej jednostki organizacyjnej, podlegającej bezpośrednio rektorowi. Powołano wówczas rektorską komisję ds. archiwum, która miała opiniować plany pracy, sprawozdania oraz prowadzić analizę działalności jednostki. Ustawa z 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach (art. 22 oraz art. 35 ust. 2), włączyła archiwa szkół wyższych do państwowej sieci archiwalnej i potwierdziła nadane w 1958 r. szkołom wyższym prawo wieczystego przechowywania akt.

10 stycznia 1984 r. na posiedzeniu Rady Wydziału Humanistycznego powołano Radę Archiwum UMK. Jej pierwszym przewodniczącym był prof. Andrzej Tomczak. Po włączeniu Akademii Medycznej im. Ludwika Rydygiera w Bydgoszczy w struktury Uniwersytetu Mikołaja Kopernika (Zarządzenie nr 65 Rektora UMK z 30 września 2005), Archiwum Zakładowe Collegium Medicum stało się z dniem 1 stycznia 2006 r. jednostką ogólnouczelnianą CM, podporządkowaną funkcjonalnie Prorektorowi ds. Collegium Medicum, a służbowo Prorektorowi ds. kadrowych i Polityki Finansowej przez dyrektora Archiwum UMK.