Od 1 stycznia 2018 r. Archiwum Zakładowe Collegium Medicum zostało przekształcone w oddział zamiejscowy Archiwum UMK działający pod nazwą Archiwum UMK – Oddział Zamiejscowy w Bydgoszczy i jest komórką organizacyjną Archiwum UMK (Zarządzenie nr 195 Rektora UMK z 19 grudnia 2017 r.)
Siedziby mały|Wejście do Archiwum UMK przy ul. J. Gagarina 13a W latach 1948–1972 Archiwum UMK mieściło się w różnych pomieszczeniach Collegium Maius przy ul. Fosa Staromiejska 3. W październiku 1972 r., na krótko, przeniesione zostało do gmachu Rektoratu UMK w miasteczku akademickim na Bielanach. Po przeprowadzce Biblioteki Uniwersyteckiej do nowej siedziby, część jej budynku przy ul. F. Chopina 12/18, przeznaczono na magazyny, biura i pracownię archiwum. W połowie 1975 r. jednostka zajęła zachodnie skrzydło budynku (trzy kondygnacje), dzieląc go m.in. z Instytutem Matematyki UMK. Rozwój uczelni w latach 90. XX w., spowodował konieczność znalezienia nowych pomieszczeń dla powiększającego się zasobu archiwalnego. Na przełomie 1996/1997 r. archiwum przeniesiono do nowego budynku przy ul. J. Gagarina 13a usytuowanego pomiędzy Wydziałem Nauk Ekonomicznych i Zarządzania a Biblioteką Uniwersytecką. W styczniu 2008 r. placówka uzyskała dodatkowy magazyn o powierzchni 370 m² po dawnej stołówce akademickiej w Domu Studenckim nr 1 przy ul. A.