W 1888 roku podział administracyjny Japonii przybrał swój dzisiejszy kształt, składając się z 43 , 2 (Kioto, Osaka), 1 (Hokkaido) i 1 (Tokio).
thumb|Hirobumi Itō, japoński polityk, mąż stanu, genrō, jeden z autorów konstytucji, czterokrotny premier i rezydent generalny Korei, zamordowany w 1909 r., jeden z trzech wielkich mężów restauracji Meiji
Równolegle przebiegał proces likwidacji przywilejów stanowych, trwający w latach 1869–1876, zakończony całkowitym zrównaniem stanu samurajskiego z resztą obywateli. Początkowo dawnym samurajom wypłacano pensje z kasy państwa, lecz szybko zastąpiono takie rozwiązanie jednorazowym odszkodowaniem. Zakazano również publicznego noszenia mieczy. Po tych restrykcjach spora część dawnych samurajów wtopiła się w społeczeństwo jako nowa inteligencja lub zamożne mieszczaństwo, niejednokrotnie wstępując do spółek handlowych z kupcami, wielu jednak aktywnie zaangażowało się w działalność polityczną, a czasami także – wywrotową.