Od 1943 roku terror kierowany przez Franka jeszcze się nasilił, uderzając zwłaszcza w czeskich Żydów. Po zamachu na Hitlera 20 lipca 1944 roku Karl Hermann Frank uciekł przed zbuntowanymi, wtajemniczonymi w plan zamachu oddziałami Wehrmachtu do SS, stacjonującego w Benešovie w południowych Czechach, za co później zemścił się, wydając wyroki śmierci przez rozstrzelanie na czterech oficerów Wehrmachtu. W tym samym 1944 roku Frank osobiście prowadził działania antypartyzanckie na Morawach, mające na celu zniszczenie Brygady Partyzanckiej Jana Žižky.
Ostatnie lata; proces i śmierć thumb|Karl Hermann Frank w trakcie procesu przed Trybunałem Ludowym w Pradze 21 maja 1946 roku W styczniu 1945 roku, z jego inicjatywy na stanowisko premiera Protektoratu Czech i Moraw został mianowany Richard Bienert, mający kontakty wśród aliantów zachodnich – Frank już wtedy wypatrywał szansy ratunku przed zbliżającymi się wojskami radzieckimi w rozmowach z Zachodem. Równolegle próbował zorganizować obronę tworząc m.in. dwie kompanie o nazwach „Czechy” i „Morawy”, o których późniejszych losach nic jednak nie wiadomo, ponadto kontynuował też represje przeciwko ruchowi oporu.