Oprócz tego Frank wraz z Daluege po zamachu rozpoczął w ramach odwetu falę represji wobec ludności cywilnej Czech (tzw. ), która trwała także po schwytaniu sprawców zamachu. Miało wówczas miejsce m.in. zmasakrowanie wsi Lidice (10 czerwca 1942 roku; plan tej masakry Karl Hermann Frank osobiście opracował, a następnie przedstawił Hitlerowi tuż po pogrzebie Heydricha) i wymordowanie wszystkich dorosłych mieszkańców wsi Ležáky (24 czerwca 1942 roku), co stało się symbolem hitlerowskiego terroru w Europie. Oprócz tego tysiące Czechów zamordowano w egzekucjach lub zamknięto w obozach koncentracyjnych. 14 lutego 1943 roku z inicjatywy Franka do obozów wysłano wielu czeskich intelektualistów, co było reakcją nazisty na wygłoszone w Londynie radiowe przemówienie czechosłowackiego prezydenta Edvarda Beneša, w którym przepowiadał „katastrofalny koniec” Niemiec oraz „rozliczenie” z Frankiem i Daluege. Władza Franka stale się rozszerzała i mimo powołania na stanowisko protektora Czech i Moraw Wilhelma Fricka w 1943 roku, faktycznym władcą Protektoratu pozostawał Frank. 20 czerwca 1943 roku awansował na SS-Obergruppenführera i generała Waffen-SS, a 20 sierpnia 1943 roku został ministrem stanu w randze (niem. Reichsminister) , które to stanowisko piastował do końca II wojny światowej.