Kariera trenerska Po wczesnym zakończeniu kariery Zubeldía zdecydował się pozostać przy piłce w roli szkoleniowca. Ukończył studia na kierunku dziennikarstwa sportowego, po czym został asystentem trenera Ramóna Cabrero w macierzystym Club Atlético Lanús. Po odejściu Cabrero ze stanowiska, w czerwcu 2008, w wieku zaledwie dwudziestu siedmiu lat objął funkcję szkoleniowca Lanús, co uczyniło go najmłodszym trenerem w historii ligi argentyńskiej. Pod jego kierownictwem drużyna została rewelacją rozgrywek ligowych, kończąc sezon na czwartym miejscu, natomiast w kolejnych rozgrywkach osiągnęła jeszcze lepszy wynik, plasując się na trzeciej lokacie i zakwalifikowała się zarówno do rozgrywek Copa Libertadores, jak i Copa Sudamericana. Nieco słabiej zawodnicy Lanús spisali się w dwóch następnych sezonach, finiszując w nich odpowiednio na dziewiątej i siódmej pozycji. W listopadzie 2010 zrezygnował ze stanowiska trenera Lanús wskutek serii kiepskich wyników.