W czerwcu 2011 Zubeldía został trenerem spadkowicza z hiszpańskiej Primera División – klubu UD Almería, jednak dwa tygodnie później ogłoszono rozstanie ze szkoleniowcem; nie mógł on prowadzić drużyny w rozgrywkach drugoligowych, gdyż nie spełniał wymogów hiszpańskiej federacji. Wobec tego jeszcze w tym samym miesiącu powrócił do Ameryki Południowej, obejmując ekwadorskiego giganta – zespół Barcelona SC z miasta Guayaquil. Prowadził go przez kolejne dziesięć miesięcy z udanym skutkiem; w sezonie 2012 wygrał wiosenną fazę Primera Etapa, jednak bezpośrednio po tym zrezygnował ze stanowiska w wyniku różnicy zdań z prezesem klubu. Na koniec roku kalendarzowego Barcelona – prowadzona już przez Gustavo Costasa – zdobyła tytuł mistrza Ekwadoru.

W kwietniu 2012 Zubeldía powrócił do ojczyzny, zastępując Alfio Basile na stanowisku trenera zespołu Racing Club de Avellaneda. Tam ponownie potwierdził swoją reputację jednego z najzdolniejszych szkoleniowców młodego pokolenia;