W 1836 rozpoczął studia w Instytucie Medyko-Chirurgicznym we Lwowie. We wrześniu 1837 Stowarzyszenie Ludu Polskiego przekształciło się w tajną organizację spiskową tzw. Młodą Sarmację w ramach której powstał podlegający jej związek Synów Ojczyzny. Moszczański został wybrany wójtem tego związku. Przeciwstawił się połączeniu radykalnego Związku Wojskowego z Synami Ojczyzny i planom zbrojnego zajęcia Lwowa. Dzięki niemu powyższy zamiar nie został zrealizowany i uniknięto rozlewu krwi.
W 1838 udał się na studia medyczne do Wiednia, gdzie stworzył filię Synów Ojczyzny. Propagował tam idee i statut związku rozszerzając jego wpływy wśród polskiej młodzieży akademickiej Wiednia. Nawiązał kontakty z Czechami a nawet ze słowackim działaczem narodowym J.Hurbanem w Bratysławie. Jednocześnie zwalczał stanowczo rosyjski panslawizm zakładający powstanie Wielkiego Związku Wszechsłowiańskiego na czele z carem sprawującym władzę absolutną. Po serii aresztowań lwowskich konspiratorów tajna działalność Moszczańskiego została wykryta przez policję. 17 września 1841 został on osadzony w areszcie, a 8 stycznia 1845, po trzyipółletnim pobycie w więzieniu skazany na karę śmierci. Z pamiętników Henryka Bogdańskiego wiadomo, iż w 1844 odbywał karę w lwowskim więzieniu w celi nr 4.