Wkrótce złagodzono mu karę na kilkuletnie więzienie a następnie uwolniono zezwalając na kontynuację studiów.
W 1846 został ponownie aresztowany na Węgrzech z powodu podróżowania bez paszportu i osadzony w wiedeńskim więzieniu na okres ośmiu miesięcy. Po oswobodzeniu ukończył naukę przewidzianą w programie studiów jednak nie pozwolono mu złożyć końcowego egzaminu. Brał czynny udział w wydarzeniach rewolucji wiedeńskiej Wiosny Ludów. Pod koniec 1848 został oskarżony o pomoc w ucieczce z Wiednia rannego i przebranego za woźnicę generała Józefa Bema do Bratysławy i uwięziony po raz trzeci.
Po dwumiesięcznym pobycie w więzieniu udało mu się wyjechać do Krakowa. Tam, na Uniwersytecie Jagiellońskim, obronił pracę zatytułowaną „De pneumonia” i 27 lipca 1849 uzyskał stopień doktora medycyny i chirurgii.