W 1991 roku przy Oddziale Otolaryngologicznym założono (we współpracy z Oddziałem Foniatrycznym) Klub Laryngektomowanych. W tym samym roku powstał Oddział Toruński Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego. W tym samym roku w WSzZ zainstalowano tomograf komputerowy. Pierwsze badania na nim wykonano 2 marca 1992 roku. W 1992 roku na Oddziale Klinicznym Położniczo-Ginekologicznym utworzono tzw. rooming-in. 1 września 1992 roku dyrektorem szpitala został mgr Andrzej Wiśnicki.
Lutym 1993 roku powstał Interdyscyplinarny Zespół Optycznych Metod Wczesnego Wykrywania Nowotworów. 2 sierpnia 1993 roku utworzono Oddział Chemioterapii Nowotworów. We wrześniu 1993 roku WSzZ otrzymał modemy (2.4 kb/s), dostęp do Bitnetu i Internetu poprzez mainframe IBM 4381. 1 stycznia 1994 roku uruchomiono skomputeryzowany Wojewódzki Rejestr Nowotworów Złośliwych. 13 maja 1994 roku w WSzZ odbyła się 54. Ogólnopolska Konferencja Naukowa Polskiego Towarzystwa Kardiologicznego nt. „Niestabilna choroba wieńcowa”. Wzięło w niej udział ponad 1000 uczestników. W 1995 roku utworzono Fundację na Rzecz Rozwoju Oddziału Otolaryngologicznego - Chirurgii Głowy i Szyi. W marcu 1996 roku została otwarta Sala Porodów Rodzinnych na Oddziale Klinicznym Położnictwa i Ginekologii. Salę sfinansowały Toruńskie Zakłady Materiałów Opatrunkowych.