We wrześniu 1997 roku w WSzZ odbył się Międzynarodowy Zjazd Videochirurgii, zorganizowany przez Katedrę i Klinikę Chirurgii Ogólnej i Gastroenterologicznej.
W 2010 roku połączono Wojewódzki Szpital Zespolony, Wojewódzki Szpital Dziecięcy i Centrum Stomatologii.
thumb|200px|Rozbudowa Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego, czerwiec 2017 W 2017 roku rozpoczęto przebudowę szpitala na Bielanach. Głównym celem remontu była modernizacja warunków lokalowych. 11 kwietnia 2017 roku ruszył pierwszy etap rozbudowy Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego im. L. Rydygiera w Toruniu. W ramach inwestycji powstał m.in. główny budynek Wojewódzkiego Szpitala Zespolonego w Toruniu, budynek administracyjny (oddany do użytku w lipcu 2020, wielopoziomowy garaż (oddany do użytku w grudniu 2017 roku, szpital psychiatryczny, szpital zakaźny oraz nowa kotłownia (uruchomiona lutym 2018 roku. Pracę trwały pięć lat. Uroczyste zakończenie pierwszego etapu przebudowy placówki miało miejsce 5 maja 2022 roku. Podczas prac szpital nie był zamknięty dla pacjentów.