Kutsuna et al również zbadali pokrewieństwa pomiędzy różnymi szczepami wirusa Zika (wirus Spondweni także w tym badaniu pełni rolę grupy zewnętrznej). Ich wyniki zobrazowano następującym kladogramem:
Rozmieszczenie geograficzne i historia ZIKV znany był początkowo z Afryki oraz Azji Południowo-Wschodniej. Po raz pierwszy został wyizolowany w Ugandzie w 1947 z małpy z gatunku makak królewski podczas badań żółtej gorączki prowadzonych w lesie Zika (w okolicy Entebbe), na obszarze występowania komara Aedes africanus. Zwierzę uczestniczące w programie badań gorączki żółtej Fundacji Rockefellera, nazwane Rhesus 766, cierpiało na gorączkę, która rozwinęła się 18 kwietnia 1947. Dwa dni później w laboratorium surowicą jego krwi inokulowano domózgowo myszy. W badaniach wzięły udział albinotyczne myszy szczepu Swiss. Objawy pojawiały się zazwyczaj po 6 dniach, rozwinęły się u wszystkich gryzoni po 10 dniach. Myszy prezentowały mniejszą aktywność, ich futro było bardziej szorstkie. Wszystkie zarażone gryzonie padały podczas 17 pierwszych pasażowań. Dopiero przy 18. pasażowaniu jeden z nich przeżył. Średni czas przeżycia zwierząt w następnych 4 pasażowaniach określono na 10,6 dnia, później spadł on do 5 dni.