Odkryte 5 gniazd szmaragdotanagry czarnogardłej cechowała unikatowa lokalizacja – w kępie zwisającego mchu. Struktura gniazda jest jednak podobna, jak u innych tanagr. Umieszczone były 2–4 m nad ziemią. We wszystkich gniazdach w momencie odkrycia znajdowało się jedno jajo lub jedno pisklę; zostały znalezione w październiku i listopadzie. Miały jedno lub dwa boczne wejścia. W jego strukturze dało się wyróżnić dwie warstwy – zewnętrzną, złożoną głównie z mchów, łodyg paproci i korzeni – oraz wewnętrzną – zbudowaną z delikatnych włókien roślin jednoliściennych i puchu roślinnego bromeliowatych. Przeciętne zewnętrzne wymiary gniazd wynosiły blisko 93 na 76 mm przy wysokości 49 mm. Odnalezione jaja miały wymiary 22,1 ± 0,91 na 15,5 ± 0,38 mm. Ich masa przed rozpoczęciem rozwoju zarodka wynosiła 2,9 ± 0,3 g. Na podstawie obserwacji i zachowań innych tanagr autorzy wywnioskowali, że jedynie samica wysiaduje. Pierwszego dnia życia badane pisklę było pokryte czarnym puchem na głowie, grzbiecie, kuprze i bokach ciała, ważyło 4,15 g. W 7. dniu życia młode zaczęło otwierać oczy, były całkowicie otwarte w 9. dniu życia. W 14. dniu życia dziób młodego był już całkiem czarny, a samo pisklę miało żółtą obrączkę oczną, zielone upierzenie i niebieskie pióra na brzuchu.