Nie wiadomo, jakie zmiany nastąpiły w wystroju kościoła w Wocławach po zmianie wyznania, jednak nie były one prawdopodobnie zbyt rewolucyjne. Dopiero tragiczny pożar, który strawił tutejszą świątynię w 1729 r., spowodował zasadniczą zmianę jej kształtu zewnętrznego, jak również konieczność ufundowania zupełnie nowego wyposażenia.
W trakcie odbudowy spalonego kościoła w 1730 r. rozebrano zrujnowane nawy boczne, a nawę główną zamknięto ścianami z rzędem dużych okien zwieńczonych łukiem półkolistym, wpisanych w dawne łuki międzynawowe. Przykrycie nawy stanowił drewniany strop, ozdobiony malowidłami na podwieszonym płótnie. Wieżę nadbudowano w konstrukcji szkieletowej wypełnionej cegłą i zwieńczono strzelistym barokowym hełmem, pokrytym blachą. Na chorągiewce na iglicy hełmu znajdowała się data odbudowy – 1730. Wewnątrz kościoła znajdowały się organy z 1738 r., wykonane prawdopodobnie przez tego samego mistrza, który zbudował organy dla kościoła w Pruszczu Gdańskim, stara drewniana chrzcielnica z 1702 r. (nieużywana), nowa drewniana chrzcielnica w formie trzech aniołów z muszlą, żyrandol z 1730 r. tudzież gotycki kielich z napisem „Ave Maria gratia plena dominus decum bien” – czyli zapisanym po łacinie początkiem modlitwy „Zdrowaś Mario”.