Głównym celem w pierwszym okresie rządów Jana była konsolidacja połączonych księstw oraz umocnienie prerogatyw książęcych w Kleve i Marku, osłabionych w pierwszych latach XVI w. za sprawą nieszczęśliwych rządów jego ojca – szczególnie, że dążenia stanów zyskały nowy impuls w postaci rozszerzającej się reformacji. Z pomocą dobrze dobranych doradców wywodzących się z kręgów humanistycznych Jan w 1534 r. wprowadził nowoczesne systemy administracyjne w obu częściach swojego władztwa - rozdzielając w każdej z nich kompetencje między radę, kancelarię oraz urząd podatkowy. Odnalazł też pośrednią drogę w sporach religijnych, w 1532 r. wprowadzając kościelną ordynację reformującą kościół w duchu idei erazmiańskich łagodzącą wyznaniowe antagonizmy i prowadząc tolerancyjną politykę wyznaniową (z wyłączeniem grup radykalnych – Jan uczestniczył w likwidacji komuny anabaptystów w Münster).