W polityce zagranicznej Jan zachowywał niezbyt aktywną lojalność wobec cesarza. Mimo to swoją najstarszą córkę wydał za księcia saskiego Jana Fryderyka I, który był przywódcą protestanckiego związku szmalkaldzkiego, sam jednak do niego przystąpił. Do zerwania z cesarzem doszło dopiero tuż przed śmiercią Jana: w 1537 r. jego jedyny syn Wilhelm został wybrany na następcę tronu w Geldrii i w 1538 r. objął tron w tym księstwie, co było sprzeczne z interesami Habsburgów w Niderlandach. Wkrótce po śmierci Jana wybuchł konflikt z tym związany.
W 1530 r. Jan zaproponował małżeństwo swego syna z Marią, najstarszą córką króla Anglii Henryka VIII Tudora. Plan nie doszedł do skutku, ale po śmierci w 1537 r. trzeciej żony Henryka, Jane Seymour, rozpoczęto starania o poślubienie przed Henryka VIII jednej z córek Jana, Anny lub Amalii. Do małżeństwa Henryka i Anny doszło jednak już po śmierci Jana, która nastąpiła w 1539 r. Jan został pochowany w kolegiacie w Kleve. Następstwo w Kleve, Mark, Jülich, Bergu i Ravensbergu objął jego jedyny syn Wilhelm, książę Geldrii.