Konflikt z cesarzem zmusił Wilhelma do szukania potężnych sprzymierzeńców. Przede wszystkim zbliżył się do Francji, czego efektem było zawarte w 1541 r. jego małżeństwo z Joanną, córką i następczynią tytularnego króla Nawarry Henryka II i zarazem siostrzenicą króla Francji Franciszka I Walezjusza. Ponadto Wilhelm szukał oparcia w partii protestanckiej w Niemczech (jego najstarsza siostra Sybilla była żoną księcia Saksonii i przywódcy związku szmalkaldzkiego Jana Fryderyka I Wspaniałomyślnego), a także w Anglii, czego efektem było zawarte w 1540 r. małżeństwo drugiej z jego sióstr, Anny, z królem Anglii Henrykiem VIII Tudora (małżeństwo to trwało zaledwie kilka miesięcy).
Mimo tych kontaktów konflikt z cesarzem skończył się porażką Wilhelma. Krótka wojna, w której początkowo Wilhelm odnosił sukcesy, ale ostatecznie musiał ulec oddziałom cesarskim, została zakończona traktatem zawartym w 1543 r. Na jego mocy Wilhelm musiał ustąpić z tronu w Geldrii oraz oświadczyć, że nie wprowadzi reformacji w swych księstwach. Musiał także porzucić sojusz z Francją – małżeństwo z Joanną z Nawarry zostało przez papieża Pawła III unieważnione w 1545 r., a w kolejnym roku Wilhelm poślubił w Ratyzbonie, w obecności samego cesarza jego bratanicę, arcyksiężniczkę Marię Habsburżankę, córkę późniejszego cesarza Ferdynanda I Habsburga.