Ten związek jeszcze silniej związał Wilhelma z Habsburgami, odciągnął od książąt protestanckich i zakończył marzenia księcia o powiększeniu swej potęgi i niezależności.
W dalszym, długim okresie panowania Wilhelm troszczył się przede wszystkim o sprawy wewnętrzne. Starał się umocnić swój wpływ na sprawy religijne i społeczne. Zakładał szkoły wyższe i modernizował struktury administracyjne. Dążył też w celu zmniejszenia skutków wojny o niepodległość Niderlandów dla swoich krajów (wojska obu stron konfliktu niejednokrotnie pustoszyły ziemie Wilhelma). Mimo starań nie zdołał całkowicie zunifikować instytucji księstw, którymi władał, nie zdołał także wśród poddanych wytworzyć wspólnej świadomości przynależności do jednego państwa – wciąż to osoba księcia była głównym czynnikiem spajającym Kleve, Mark, Jülich, Berg i Ravensberg. W sprawach religijnych, po początkowych próbach wprowadzenia reformacji zahamowanych przez porażkę w wojnie z cesarzem, kontynuował politykę ojca, próbując reformować Kościół w duchu humanistycznym, nie opowiadając się jednak wyraźnie po żadnej ze stron konfliktu religijnego w Cesarstwie (żywiąc jednak sympatię dla protestantyzmu).