Tolerancja księcia nie obejmowała jednak skrajnych odłamów protestanckich jak anabaptystów, a także Żydów, których osiedlania się w swych księstwach Wilhelm zakazał w 1558 r.
thumb|left|120px|Nagrobek Wilhelma Bogatego W 1575 r. zmarł Karol Fryderyk – starszy syn Wilhelma, planowany na jego następcę. Pozostał mu tylko jeden syn, przeznaczony wcześniej do stanu duchownego Jan Wilhelm, który jednak w latach 80. XVI w. ciężko zachorował. Wizja wymarcia dynastii otworzyła kwestię późniejszego następstwa tronu, w którą angażowali się członkowie książęcej rady. Wewnętrzne i wyznaniowe konflikty stopniowo osłabiały władzę książęcą w ostatnich latach życia także chorego Wilhelma. Zmarł w 1592 r. pozostawiając jako następcę chorego Jana Wilhelma. Został pochowany w kościele św. Lamberta w Düsseldorfie, gdzie w 1599 r. wzniesiono mu wciąż istniejący nagrobek.
Rodzina W 1541 r. Wilhelm poślubił Joannę, córkę i następczynię tytularnego króla Nawarry Henryka II i zarazem siostrzenicę króla Francji Franciszka I Walezjusza. W 1545 r. to bezdzietne małżeństwo zostało unieważnione (Joanna poślubiła potem Antoniego Burbona i była matką przyszłego króla Francji Henryka IV Burbona).