W zależności od sposobu organizacji ruchu, zdolności przewozowej, użytego taboru itp. można rozróżnić podstawowe typy S-Bahn: Typ klasyczny, z niezależnym szlakiem, wysokimi peronami i składami samobieżnymi czerpiącymi zasilanie z trzeciej szyny: S-Bahn w Berlinie, S-Bahn w Hamburgu (z wyjątkiem linii S3 na odcinku Hamburg-Neugraben – Stade). Systemy te obsługiwane są przez spółki-córki Deutsche Bahn.
Tzw. druga generacja, z częściowo niezależnym szlakiem i systemem elektrycznym kompatybilnym z pozostałą niemiecką siecią kolejową (15 kV, 16,7 Hz prądu przemiennego), obsługiwane przez Deutsche Bahn: S-Bahn w Monachium S-Bahn w Stuttgarcie S-Bahn Rhein-Main (Frankfurt nad Menem, Darmstadt, Moguncja, Offenbach am Main, Wiesbaden) częściowo S-Bahn Rhein-Ruhr i S-Bahn Köln (Kolonia i Bonn)