W 1962 r. podupadł na zdrowiu. Zmarł 31 grudnia tego roku, a pogrzeb odbył się 3 stycznia 1963 r. W pogrzebie uczestniczył ks. bp. Franciszek Jop. Ks. płk Jan Szymała został pochowany na cmentarzu Jeruzalem przy ul. Leopolda Staffa w Bytomiu.
Ordery i odznaczenia Krzyż Niepodległości (28 grudnia 1933) – zamiast uprzednio nadanego Medalu Niepodległości () „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Krzyż Walecznych Złoty Krzyż Zasługi (9 listopada 1931) „za zasługi na polu pracy narodowo-społecznej”. Krzyż na Śląskiej Wstędze Waleczności i Zasługi Śląski Krzyż Powstańczy (1947) Medal 3 Maja (1925) Pro Ecclesia et Pontifice (1931) odznaka „Za Dzielność i Wierną Służbę Ojczyźnie około Połączenia Prastarej Ziemicy Śląskiej z Najjaśniejszą Rzecząpospolitą Polską” (3 maja 1921)
Upamiętnienie II Lubliniecki Szczep „Zielona Ósemka” im. ks. płk Jana Szymały – od 8 września 2007 r. 18 Drużyna Harcerska im. Jana Szymały Ulica ks. płk Jana Szymały w Lublińcu Ulica Jana Szymały w dzielnicy Zabrza Makoszowy Ulica ks.