Od marca 1945 roku przez kilka miesięcy przebywał w Paryżu, gdzie opiekował się polskimi żołnierzami i przesiedleńcami. Następnie, od września 1945 roku do połowy 1946 roku przebywał w angielskiej strefie okupacyjnej, gdzie pełnił obowiązki delegata biskupiego J. Gawliny i szefa Duszpasterstwa Polskiego na strefę brytyjską. Sprawował opiekę duszpasterską w obozach byłych wysiedleńców przymusowych (Displaced Persons). Jego siedzibą była miejscowość Bad Oeynhausen – stanowisko Sztabu Okupacyjnego Armii Brytyjskiej.
mały|Grób Jana Szymały (2018) W listopadzie 1946 roku powrócił do kraju. Tymczasowo zatrzymał się w Lublińcu w klasztorze Ojców Oblatów. Wystąpił z prośbą do kurii w Katowicach o udzielenie mu bezterminowego urlopu, aby mógł podjąć pracę duszpasterską w Administracji Apostolskiej Śląska Opolskiego. 5 grudnia 1946 został skierowany na parafię pw. Wszystkich Świętych w Gliwicach, a następnie od 5 maja 1954 parafię św. Jacka w Bytomiu. Pełnił funkcję dziekana Dekanatu Bytomskiego i był członkiem Consilium Vigilantiae. W 1955 roku reaktywował lokalne Towarzystwo Świętego Alojzego, które zajmowało się organizowaniem działalności kulturalnej na terenie parafii. Spotykały go za to szykany ze strony władz komunistycznych.