Ucieczka Wraz z budową muru jego działalność informacyjna, a tym samym swoboda poruszania się pomiędzy sektorami dobiegły końca. Probst usiłował przedsięwziąć próbę ucieczki przez dworzec tranzytowy Berlin Friedrichstraße, ta spełzła jednak na niczym, gdyż został zatrzymany. Jego bezpośredni przełożony brał wprawdzie pod uwagę możliwość działalności szpiegowskiej w Berlinie Zachodnim, szybko porzucił jednak ten pomysł z powodu niedostatecznej wiedzy Probsta w dziedzinie szyfrowania. Sam Probst ponowił próbę ucieczki 14 października. Udając się nad Sprewę wszedł pod mostem Schillingbrücke do rzeki. Stacjonujący na moście żołnierze wojsk granicznych NRD zauważyli go o godzinie 22:30 i niezwłocznie otworzyli ogień. Werner Probst zdołał dopłynąć do zachodniego nabrzeża, był już jednak ranny, w momencie wspinania się na drabinkę przy kei otrzymał zaś kolejny, tym razem śmiertelny postrzał. Wschodnioberlińska policja wodna ściągnęła rannego Probsta z zachodniego brzegu i zabrała go do Oberbaumbrücke. Tam stwierdzono jego zgon.