Od maja do sierpnia 1944, ze względu na zagrożenie osobiste została przydzielona w stopniu porucznika do oddziału partyzanckiego działającego w pobliskich lasach, dowodzonego przez Bolesława Mikusa „Żbika” i pełniła rolę kuriera w organizacji Wolność i Niezawisłość na Lubelszczyźnie.
W 1946 w Katedrze Biologii i Genetyki Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie przedstawiła i obroniła pracę doktorską i wyjechała do Gdańska, gdzie kontynuowała naukę na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej. Równocześnie rozpoczęła pracę na stanowisku starszego asystenta w Zakładzie Histopatologii i Embriologii.
We wrześniu 1951 r. Maria Wszelaczyńska została zabrana z dyżuru lekarskiego przez pracowników Urzędu Bezpieczeństwa. Powodem aresztowania była sprawa rotmistrza Andrzeja Czaykowskiego „Garda” cichociemnego kuriera, zrzuconego do kraju z Anglii w 1949 r. Po aresztowaniu i procesie został on stracony w 1953 w więzieniu mokotowskim. Marii Wszelaczyńskiej, która znała Czaykowskiego sprzed wojny postawiono zarzut „pomocy w szpiegostwie” i skazano. Początkowo osadzono ją w więzieniu na Mokotowie, a następnie w Zakładzie Karnym w Fordonie, gdzie jedną ze współtowarzyszek w celi była słynna emisariuszka Elżbieta Zawacka „Zo” skazana również za kontakt z Czaykowskim.