Sergiusza z Radoneża w Ufie zostali aresztowani, a ordynariusz eparchii, biskup Grzegorz, rozstrzelanyGrigorij (Kozłow) [w:] Prawosławnaja Encikłopiedija, t. XII, Moskwa 2006, s.574, .. W 1939 sobór św. Sergiusza z Radoneża był jedyną czynną świątynią prawosławną na dawnym terenie eparchii. Eparchię restytuowano w 1942. Do 1956 ponownie otwarto 41 świątyń, jednak wskutek kolejnych prześladowań do 1965 ich liczba spadła do 17. W 1990 czynnych parafii w eparchii było 30.
W 2011 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego wydzielił z terytorium eparchii ufijskiej nowe administratury: eparchie saławacką i nieftiekamską. W momencie podziału eparchia liczyła 287 parafii, prowadziła również cerkwie domowe i więzienne, czynnych było 8 klasztorów.
W 2016 eparchia składała się z 14 dekanatów, w których działało 127 parafii. Ponadto podlegały jej trzy monastery: monaster Zaśnięcia Matki Bożej i św. Jerzego w Usie-Stiepanowce, męski monaster Zwiastowania w Stierlitamaku, żeński monaster Tabyńskiej Ikony Matki Bożej w Kurorcie, żeński.
Postanowieniem Świętego Synodu, w 2017 r.