Elementy te natomiast mogą obniżyć ocenę w przypadku, gdy elementy biologiczne osiągają stan bardzo dobry, ale warunki hydromorfologiczne lub fizykochemiczne nie spełniają kryteriów stanu bardzo dobrego. Wówczas stan ekologiczny jest określany jako dobry (gdy elementy fizykochemiczne są co najmniej dobre) lub umiarkowany (gdy warunki fizykochemiczne nie są co najmniej dobre). Jest to konsekwencja przyjęcia zasady, że najgorszy element decyduje o ocenie całości. Prowadzić to może do konfuzji, gdy przekształcenia hydromorfologiczne są znaczne, ale ich stan jest określany drugoklasowy. Konfuzję może wprowadzać również stosowanie klasyfikacji z innych systemów. Polska Norma PN-EN 14614:2008 uwzględnia pięciostopniową klasyfikację parametrów hydromorfologicznych rzek, lecz zawarta jest w niej uwaga, że te pięć klas nie powinno być utożsamiane z klasami stanu ekologicznego, jako że te są determinowane przez wskaźniki biologiczne.
Interkalibracja metodyk oceny stanu ekologicznego mały|31. spotkanie grupy Ecostat. 16-17 marca 2016, gmach Ministerstwa Środowiska w Warszawie