W 1670 Justynian Niemirowicz-Szczytt zaangażował się w konflikt pomiędzy obozem Paców a stronnikami Radziwiłłów i Sapiehów. Zarzucił marszałkowi Trybunału Litewskiego, Mikołajowi Ciechanowieckiemu, nielegalny wybór na tę funkcję i nadużycia. Mimo przejściowego sukcesu, ostatecznie wygrali zwolennicy Paców, a on sam został skazany na wieczną banicję i gardło.
W 1673 został nominowany na podkomorzego połockiego.
Majątek i fundacje Posiadał znaczny majątek, w tym dobra Białe, Hubin, Sanniki. Pohorełe, Ołoskowo i Komorowszczyznę. W 1663 nabył od szwagra, Stefana Tukowicza, dobra Tabołki, które następnie przez ponad 200 lat znajdowały się w posiadaniu potomków jego syna Konstantego, stając się ich rezydencją. Jak podaje Żychliński, w czasie wojny polsko-moskiewskiej (1654-67) u Niemirowicza-Szczytta w Tabołkach stanął kwaterą wojewoda ruski Stefan Czarniecki. Na pamiątkę podarował gospodarzowi swój stolik obozowy z własnoręcznym napisem.
W 1666 kupił Prozoroki. W 1677 sprowadził do Prozoroków Franciszkanów, fundując im klasztor i drewniany kościół pw. NMP. Na podzamczu w Połocku znajdował się jego dwór.