Selekcja stanowi podstawową metodę hodowlaną polegającą na wybieraniu roślin o określonych właściwościach spośród większej populacji roślin. Rośliny takie podlegają selekcji zarówno przez celowe działanie hodowcy przeznaczającego do reprodukcji rośliny o pożądanych cechach (selekcja sztuczna), jak i przez przystosowanie do lokalnych warunków środowiska (selekcja naturalna).
W początkowym okresie udomowienia roślin selekcja stanowiła jedyną metodę ich doskonalenia. Dziś rzadko występuje samodzielnie ze względu na fakt, że materiał wyjściowy (odmiany uprawne) jest wysoce jednorodny, a skuteczność selekcji uzależniona jest od jego zróżnicowania.
Wyróżnia się dwa podstawowe typy selekcji: selekcja pozytywna – wybierane są do reprodukcji rośliny (lub linie) o pożądanych cechach. Charakterystyczna jest dla hodowli twórczej, kiedy wytwarza się nową odmianę. selekcja negatywna – wybierane są i odrzucane niepożądane rośliny (lub linie) a resztę przeznacza się do reprodukcji. Charakterystyczna jest dla hodowli zachowawczej, kiedy celem jest utrzymanie cech.