III i IV wiek Już w III wieku istniało na terenie Rzymu 25 cmentarzy, z których wybrane znajdowały się w posiadaniu chrześcijan. Hipolit Rzymski zanotował w Philosophumena, iż papież Zefiryn mianował diakona Kaliksta kustoszem i administratorem katakumb. Do dzisiaj nazywane są jego imieniem – Katakumby świętego Kaliksta. W pierwszej połowie III wieku Rzym został podzielony na siedem regionów eklezjalnych, każdemu z nich przypisano miejsca kultu i różne katakumby jako własne miejsca dla chowania zmarłych. Gdy w 313 chrześcijaństwo uzyskało tolerancję (Edykt mediolański), przynajmniej w pierwszym okresie wielu wierzących pragnęło być pochowanymi w pobliżu grobów świętych męczenników.
Od V do IX wieku W V wieku zaniechano stopniowo tradycji pochówku w katakumbach, które nie przestały być jednak miejscami kultu świętych męczenników. Między VIII i IX wiekiem, po wielkich najazdach barbarzyńskich, sanktuaria w katakumbach przestawały pełnić swoją funkcję w wyniku przenoszenia relikwii do wznoszonych świątyń.