Od wczesnego średniowiecza do XVI wieku Gdy większość relikwii przeniesiono na teren miasta, katakumby pozostały w całkowitym opuszczeniu. Wejścia do katakumb zarosły lub uległy erozji, cmentarze zaniedbywano. W średniowieczu zaginął wszelki ślad po ich istnieniu, wiele źródeł wprowadzało chaos w faktycznym określaniu ich lokalizacji. Jedynymi, które oficjalnie odwiedzano, były: katakumby św. Sebastiana, św. Wawrzyńca (zwane także katakumbami Cyriaki) oraz św. Pankracego.
Czasy nowożytne Do nowożytnego odkrycia katakumb doszło w XVI wieku. Pierwszy eksplorator Antonio Bosio, prowadził badania w latach 1575-1629. Po jego śmierci w 1634 ukazała się drukiem praca Roma Sotterranea (wł. Podziemny Rzym). Kolejnym wielkim ich odkrywcą i propagatorem był żyjący w XIX wieku Giovanni Battista de Rossi. W latach 50. XX wieku odkryto wiele zespołów katakumbowych w pobliżu Rzymu.