Szyfr poligramowy – szyfr podstawieniowy, w którym wymianie na znaki szyfru nie podlegają pojedyncze znaki tekstu jawnego, ale ich grupy. Był popularny w korespondencji dyplomatycznej w XIX w. Najczęściej używano wariantu, w którym przetwarzano grupy złożone z dwóch znaków (nazywany był bigramem lub digramem). Rzadziej – z powodu skomplikowanej procedury szyfrowania – z trzech (trigram). Za pierwowzór szyfru poligramowego uważa się digraficzną tablicę umieszczoną w 1563 roku w książce Giovanniego Battisty della Porta De Furtivis Literarum Notis. Jednak Porta jako zamienniki liter proponował znaki graficzne (coś w rodzaju pisma hieroglificznego). Pierwszym literowym szyfrem poligramowym był (również digraficzny) szyfr Playfair.
Podstawą do przetwarzania tekstu jawnego w szyfrze poligramowym jest kwadratowa tablica, której górna i boczna krawędź są opisane ciągiem znaków do zaszyfrowania, a wewnętrzne komórki zawierają zamienniki – grupy cyfr, liter lub mieszane – cyfr i liter. Zamiennik znajduje się na przecięciu wiersza i kolumny zawierających znaki będące składnikami szyfrowanej pary. Najprostszym wariantem jest tablica zawierająca 26×26 liter, według której teoretycznie dwuznakowych grup może być 676.